Manga Magi Craft Meister yang dibuat oleh komikus bernama Aki Gitsune ini bercerita tentang Hanya ada satu Magi Craft Meister di dunia. Setelah kematian Meister terakhir lebih dari seribu tahun yang lalu, Jin Nidou dipindahkan ke dunia lain untuk menggantikan keinginannya. Setelah mendapatkan pengetahuan tentang Magi Craft Meister, Jin mencoba menggunakan gerbang warp tetapi gagal berfungsi, membawanya ke dunia yang tidak dikenal. Bersamaan dengan itu, sebuah automata yang baru saja dia pulihkan juga menggunakan gerbang warp untuk mencari "ayahnya". Dengan demikian, perjalanan membuat Magi Craft Meister yang baru dimulai!