Manga Cross Days yang dibuat oleh komikus bernama SAKAZUKI Homare ini bercerita tentang Yuuki Ashikaga adalah siswa baru sekolah menengah di semester kedua di Akademi Sakakino, yang dari kunjungan rutinnya ke perpustakaan sekolah, menjadi terpikat oleh Kotonoha Katsura, seorang teman sekelas yang datang untuk membaca. Meski sudah memiliki pacar, dia dengan tulus membalas ketertarikannya. Namun keadaan menjadi rumit ketika, setelah pertemuan singkat, saudara perempuannya, Chie Ashikaga, memperkenalkannya kepada Roka Kitsuregawa, seorang kenalan yang juga tergila-gila padanya. Karena cemburu pada saingannya, Roka mencoba menghalangi Yuuki dengan mengaku menyukai Makoto Itou, teman sekolah lainnya. Kebohongannya secara dramatis menjadi bumerang, karena Yuuki, yang menyadari bahwa Makoto adalah pacar Kotonoha, pergi untuk bertanya tentang perselingkuhannya.