Manga Hundred yang dibuat oleh komikus bernama Misaki Jun ini bercerita tentang --- itu adalah satu-satunya senjata yang dapat melawan bentuk kehidupan misterius yang mengunjungi bumi. Protagonis, Kirasagi Hayato, bertujuan untuk menjadi > menggunakan Ratusan ini. Dia berhasil masuk ke universitas kapal perang >. Namun --- "Aku ingin bertemu denganmu, Hayato !!!" "B-Bagaimana kamu tahu namaku?" Di sekitar teman sekamar, Emil Crossford, yang entah bagaimana mengenalnya dengan baik (?), Hayato merasa tidak nyaman. Terlebih lagi, tepat setelah upacara masuk, dia diminta berduel oleh master seni bela diri terkuat di kampus Claire Harvey ...!? Pertarungan akademi pamungkas dimulai di sini!