Manga Shinobi Undercover yang dibuat oleh komikus bernama Takegushi Ippon ini bercerita tentang Bahkan di Jepang modern, ninja masih bersembunyi di balik bayangan. Ninja muda Yodaka telah menerima misinya, yaitu melindungi siswa SMA Aoi dengan segala cara. Namun, dapatkah seorang ninja bertahan hidup di dunia SMA yang liar sambil tetap menjalankan misinya?