Manga Tokyo Aliens yang dibuat oleh komikus bernama Naoe ini bercerita tentang Gunji Akira, yang baru saja masuk sekolah menengah atas, telah mengejar hantu ayahnya dengan mencoba menjadi polisi seperti dirinya. Namun, suatu hari, ia mengalami pertemuan tak terduga dengan alien saat meninggalkan sekolah. Dan di sanalah dimulainya petualangannya yang menentukan dengan kehidupan luar angkasa…