Super School Doctor mengisahkan tentang seorang dokter muda berbakat yang mengabdikan dirinya di sebuah sekolah dengan kondisi siswa yang penuh tantangan kesehatan. Dengan kemampuan medis yang luar biasa dan pendekatan yang peduli, ia berusaha membantu setiap siswa agar dapat menjalani hari-hari sekolah dengan lebih baik dan sehat. Setiap episode menghadirkan berbagai kasus medis unik serta dinamika sosial antar siswa dan staf sekolah. Cerita ini tidak hanya menyoroti aspek kesehatan, tetapi juga pentingnya empati dan kerja sama dalam menyelesaikan masalah yang ada di lingkungan sekolah.